بسیاری از سازمان‌ها تفاوت بین CRM و اتوماسیون اداری را به درستی نمی‌دانند. در حالی که این دو سیستم اهداف متفاوتی دارند.

CRM بیشتر بر روی مدیریت مشتریان، فروش و ارتباط با مشتری تمرکز دارد. در مقابل، اتوماسیون اداری برای مدیریت فرآیندهای داخلی مانند مکاتبات، نامه‌ها و گردش کار استفاده می‌شود.

در واقع CRM به افزایش درآمد کمک می‌کند، در حالی که اتوماسیون اداری باعث افزایش بهره‌وری داخلی سازمان می‌شود.

بهترین حالت زمانی است که این دو سیستم به صورت یکپارچه استفاده شوند.